协议离婚，有一套房子，两个人名字，还贷中，协议归女方，该怎么操作

    协议中直接约定房屋所有权归女方，剩余贷款离婚后由女方负责偿还，女方支付男方折价款就可以了。
    折价款的数额双方可以协商。
    这里给一个基本的参考标准：房屋现市值减去尚未归还的贷款本金，所得数字除以二，就是男方所得的房屋折价款。
    房屋过户的问题。
    因为房屋现在还有贷款没有还清，所以不能过户。待贷款清偿完毕之后，男方需要配合女方进行房产证的更名手续。如果男方不配合的，女方还可以起诉到法院解决。
    【法律依据】
    《婚姻法司法解释（二）》第八条
    离婚协议中关于财产分割的条款或者当事人因离婚就财产分割达成的协议，对男女双方具有法律约束力。
    当事人因履行上述财产分割协议发生纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。