什么情况下要补缴耕地占用税

    减免税范围有限定，不属于免税范围的要征税
    原耕地占用税政策规定，经批准征用的耕地用于铁路线路的，免征耕地占用税，此处所说的铁路线路，是指铁路线路以及按规定两侧留地和沿线的车站、装卸用货场仓库用地。铁路系统其他堆货场、仓库、招待所、职工宿舍等用地均不在免税之列。
    同时，新修订的《耕地占用税暂行条例》第九条规定，铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、航道占用耕地，减按每平方米2元的税额征收耕地占用税。根据实际需要，国务院财政、税务主管部门商国务院有关部门并报国务院批准后，可以对前款规定的情形免征或者减征耕地占用税。《耕地占用税暂行条例实施细则》第十三条规定，减税的铁路线路，具体范围限于铁路路基、桥梁、涵洞、隧道及其按照规定两侧留地。专用铁路和铁路专用线占用耕地的，按照当地适用税额缴纳耕地占用税。从上述政策可知，免税或减税的铁路线路具体范围限于铁路路基、桥梁、涵洞、隧道及其按照规定两侧留地。其它用地如不是直接为农业生产服务均应照章征收耕地占用税。耕地占用税以纳税人实际占用的耕地面积为计税依据，按照规定的适用税额标准计算应纳税额，实行一次性征收。计算公式：应纳税额=实际占用的耕地面积×适用税额标准。
    例1：某市A铁路线路征用耕地20万平方米。其中修建铁路路基、桥梁、涵洞、隧道及其按照规定两侧留地占用耕地为16万平方米，修建铁路系统其他堆货场、仓库、招待所、职工宿舍等用地2万平方米，修建影剧院等职工活动场所用地2万平方米。因该铁路线路所在地区是人均耕地1亩以下的地区，政府规定缴纳耕地占用税应适用幅度税额的上限，即10元/平方米。假设当地规定铁路线路减按每平方米2元的税额征收耕地占用税，那么其占用耕地应纳耕地占用税=160000×2+(20000+20000)×10=320000+400000=720000(元);如果当地经批准对铁路线路免征耕地占用税，则其占用耕地时应纳耕地占用税=(20000+20000)×10=400000(元)。
    不再属于减免情形的，按办理减免税时的适用税额补税
    新修订的《耕地占用税暂行条例》第十一条规定，依照本条例第八条、第九条规定免征或者减征耕地占用税后，纳税人改变原占地用途，不再属于免征或者减征耕地占用税情形的，应当按照当地适用税额补缴耕地占用税。《财政部、国家税务总局关于耕地占用税减免税补征税款等问题的批复》(财税〔2009〕19号)规定“免征或减征耕地占用税后，纳税人改变原占地用途，不再属于免税或减税情形的，应按办理减免税时依据的适用税额对享受减免税的纳税人补征耕地占用税”。
    例2：承例1，该市为了推进城市化进程，将老城区进行改造，把铁路线移位到郊外，在A铁路线路位置上进行房地产开发。在老铁路线位置上进行房地产开发，符合“免征或减征耕地占用税后，纳税人改变原占地用途，不再属于免税或减税情形的，应按办理减免税时依据的适用税额对享受减免税的纳税人补征耕地占用税”。所规定情形，所以应从改变时起按照办理减免税时依据的适用税额补缴纳耕地占用税。
    A铁路线路已纳耕地占用税=160000×2+(20000+20000)×10=320000+400000=720000(元)，而修建铁路路基、桥梁、涵洞、隧道及其按照规定两侧留地占用耕地16万平方米减征耕地占用税后，纳税人改变原占地用途，不再属于减税情形，应按办理减免税时依据的适用税额，即对享受减免税的纳税人10元/平方米补征耕地占用税。其改变原占地用途时应补纳耕地占用税=160000×(10-2)=1280000(元);如果当地经批准对铁路线路免征耕地占用税，则纳税人改变原占地用途，应按办理免税时依据的适用税额对享受免税的纳税人补征耕地占用税。其改变原占地用途时应补纳耕地占用税=160000×10=1600000(元)。
    已缴纳税款的耕地，在补办占地手续时不再征税
    《财政部、国家税务总局关于耕地占用税减免税补征税款等问题的批复》规定，对于未经批准占用耕地但已经缴纳耕地占用税税款的，在补办占地手续时，不再征收耕地占用税。